Perlembagaan negeri Kelantan ada memperuntukan bahawa KDYMM al-Sultan adalah Ketua Agama Islam bagi negeri Kelantan. Dalam menjalankan tugas ini Baginda dibantu dan dinasihati oleh Majlis Agama Islam dan Adat Istiadat Melayu Kelantan, sebagaimana termaktub dibawah perkara 6 (1) Bahagian Pertama Perlembagaan Negeri yang berbunyi:

"adapun kepala bagi ugama negeri ialah Yang Maha Mulia dan Majlis Ugama Islam dan Adat Istiadat Melayu, di dalam bahasa Inggeris Council of Religion and Malauy Custom yang ditubuhkan dibawah undang-undang negeri yang ada sekarang hendaklah terus membantu dan menasihati Yang Maha Mulia mengikut undang-undang itu."

Kuasa tertinggi Majlis terletak pada sebuah lembaga bernama "Anggota Majlis" yang dilantik oleh KDYMM al-Sultan dari semasa ke semasa. Semua perkara yang melibatkan dasar, tindakan dan pentadbiran Majlis mestilah terlebih dahulu mendapat persetujuan dan pengesahan daripada "Anggota Majlis" ini. Dalam perkembangan selanjutnya, lembaga ini dibantu pula oleh sebuah "Jemaah Ulama" yang dipengerusikan oleh Mufti Kerajaan Negeri Kelantan bagi memastikan bahawa keputusan-keputusan yang dibuat dan dilaksanakan dalam bidang pentadbiran dan kewangan tidak bercanggah dengan hukum-hukum agama yang diamalkan dalam negeri ini.

Pada tahun 1979, Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Kelantan (JAHEAIK) ditubuhkan bagi membantu Majlis Agama Islam dan Adat Istiadat Melayu Kelantan dalam urusan kuatkuasa undang-undang dan kehakiman sementara Yayasan Islam Kelantan (YIK) ditubuhkan pada tahun 1983 bagi membantu Majlis Agama Islam dan Adat Istiadat Melayu Kelantan dalam bidang pelajaran dan persekolahan.